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生物分子表面大都含有或強或弱的疏水區域，在不同環境下，與各種疏水介質產生不同的強弱和結合。高離子強度可加強疏水性。和離子交換剛好相反，高鹽吸附，低鹽洗脫。經洗脫樣品又可直接或稍加稀釋后上其它層析柱，作為連接下游和層析步驟的橋梁。并可完全取代傳統的鹽析沉淀技術，更符合工業生產要求。 比反相層析介質的配體密度低很多，無需有機溶劑洗脫，保存生物活性。配體種類繁多，提供寬廣的選擇性。疏水層析的分離效果受不同配體、緩沖液、鹽濃度、溫度等多種因素影響。哪種介質最適合很難預測，必須經過試驗。